En la actualidad, el Colegio Andino viene desarrollando varios proyectos de investigación sobre:

- la problemática de salud, a partir del estudio de los mecanismos de participación en la gestión de Centros de Salud (experiencias de los distritos de Lamay y Paqariqtambo, en particular) y de la problemática de salud ambiental en las inmediaciones del yacimiento gasífero de Camisea. Esta investigación se realiza con el apoyo de la fundación Ford.

- la educación temprana de los niños quechuahablantes, a partir de un análisis del desarrollo sicológico-cognitivo de niños del distrito de Poques, y su relación con el aprendizaje de la lengua materna. Esta investigación se realiza con el apoyo de la Universidad de Michigan

- los sistemas de justicia en zonas rurales del Cuzco, a partir del análisis de los actores de justicia (rondas campesinas, jueces de paz, defensorías comunitarias, etc.) y de las normas y valores que ponen en juego, en una comunidad rural del sur del Cuzco. Esta investigación se realiza con el apoyo de la institución Broederlijk Delen.

- la resolución de conflictos mineros a partir de los casos de las minas de Tintaya y Las Bambas. Esta investigación aborda los conflictos mineros a partir del análisis de las racionalidades de los actores, y los factores estructurales que determinan estas racionalidades, para elaborar sugerencias de políticas publicas. Para ello, se pretende re-ubicar los conflictos mineros dentro de la problemática, más amplia, del modelo de desarrollo y del papel del Estado en el desarrollo de la sierra peruana. Esta investigación se realiza con el apoyo de IRDC-Canadá.

- la participación de poblaciones quechuahablantes y culturalmente indígenas en la gestión municipal. Esta investigación parte de la hipótesis de que la diferencia cultural y la discriminación subsisten en los sistemas de gestión pública local, a pesar de los inmensos esfuerzos realizados recientemente para promover sistemas de gestión participativa y descentralizada. El proyecto explora la manera en que la discriminación se reproduce en estos nuevos contextos, y propone un balance de la descentralización peruana y de las políticas impulsadas para reconocer la diversidad cultural en el Perú, a partir del Informe de la Comisión de la Verdad. Esta investigación se realiza con el apoyo del IRDC-Canadá.

- los movimientos indígenas del Perú, Ecuador y Bolivia: esta investigación busca intepretar las diferencias en la génesis de movimientos indígenas en los tres países andinos, identificar las propuestas de estos movimientos y su relación con las poblaciones indígenas que les dan sustento, y evaluar la significación de estas propuestas para la construcción de una democracia intercultural. Cuenta con el apoyo del Comité Catholique contre la Faim et pour le Développement (CCFD-Francia).