Desde el punto de vista de la formación superior, el Colegio Andino se concibe a sí mismo, ante todo, como una Escuela Andina de Postgrado, capaz de ofrecer diferentes posibilidades de formación para alumnos licenciados de las carreras de ciencias sociales principalmente. Es así como el Colegio Andino ha ofrecido cursos de especialización y extensión académica, y programas de diplomados superiores y maestrías en ciencias sociales, en convenio con la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (FLACSO-Sede Quito). En la actualidad, el Colegio Andino ofrece un programa de especialización en gestión social del agua, desarrollado en colaboración con la cooperación holandesa (NUFFIC).

Pero el Colegio Andino también ofrece posibilidades de formación superior no-universitaria, dirigidas a estudiantes que no han podido culminar los estudios de bachillerato. En este sentido, se han desarrollado propuestas educativas novedosas, como por ejemplo el Diplomado de Formación Continua en Estudios del Desarrollo, desarrollado en los años 2003-2004 en cooperación con el Instituto de Estudios del Desarrollo de Ginebra (Suiza).

Actualmente, el Colegio Andino ofrece un programa de formación de dirigentes indígenas de las regiones de Cuzco y Apurimac (programa Amauta Qullana) y un programa de formación en artes en medios, especialmente en video digital (programa Amauta).